Od událostí prvního dílu uplynulo už několik let, kdy K a J, agenti tajné neoficiální organizace MiB, dohlížející na utajené mimozemské imigranty na Zemi, odvrátili velkou intergalaktickou katastrofu. Tehdy se čerstvě zaškolený agent J v organizaci dobře zavedl, zatímco jeho starší, zkušený kolega K se vrátil k pohodlnému civilnímu životu a pracuje na poště. Během rutinního vyšetřování však J odhalí spiknutí řízené zlou kytothianskou stvůrou Serleenou, vystupující v podobě sexy modelky luxusního spodního prádla. Obsadí budovu organizace MiB a jako rukojmí si vezme její zaměstnance. J nezbývá než požádat jediného muže, který mu s řešením situace může pomoci - zpohodlnělého K. Vyzbrojí se v tajné zbrojnici a proniknou do centrály. Čeká je rozhodující boj o záchranu lidstva i Zarthanů…
